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ENE怎么算的,ene计算

ENE怎么算的,ene计算
ENE怎么算的,ene计算

如果计算断了,然后需要继续开始,就会产生很多轨迹文件,同时轨迹文件都是断的,因此分析的时候非常不方便,gromacs有其他常用的命令把坐标文件,能量文件连接成一个文件,其中比较常用的如trjcat和eneconv,格式分别如下:

trjcat -f traj1.trr traj2.trr…. -o traj_all.trr

eneconv -f ener1.edr ener2.edr… -o ener_all.edr

即使用"-f "读入所有轨迹或者能量文件,使用"-o "输出完整的轨迹和能量文件。

说说一个tpbconv的弱点。tpbconv不能更改你原来tpr文件中并行计算的节点数,比如你原来的tpr文件是8个节点的,那么使用tpbconv得到的重启tpr文件也是8个节点的。如果想更改使用节点数,那只能用grompp重新做一个了。但是使用grompp做重启模拟文件时,就算你指定了原来的轨迹文件和能量文件,它还是会根据麦克斯韦分布重新给各个原子指定速度。

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